Acte I
Le spectacle commence dans une petite église en Louisiane. Nous nous joignons à l'action au moment où la congrégation est sur le point de chanter une chanson (The Vaults of Heaven). Après la chanson, le prédicateur conclut son sermon, et l'assemblée se disperse. Nous voyons les enfants courir et jouer (Overture). Nous rencontrons la jeune Swallow (16 ans), sa jeune sœur Brat et son jeune frère Poor Baby. Pensant à la Noël qui approche et qu’ils passeront sans leur mère, ils se plaignent de ne jamais obtenir ce pour quoi ils prient (I Never Get What I Pray For). Ils rencontrent Ed, qui est sur le point de noyer des chatons. Swallow réussit à les sauver mais les enfants se rendent compte qu'ils auraient dû être à la maison depuis longtemps (Home By Now ).
Sur le chemin du retour, ils rencontrent Earl qui recherche un endroit où installer une tente pour une réunion d’éveil, où les gens vont danser avec des serpents afin de tester leur foi en Jésus. De retour à leur domicile, leur père Boone tente de les convaincre qu'il ne peut pas trouver mieux que ça (It Just Doesn't Get Any Better Than This), avant de rappeler ce que sa femme avait coutume de dire: Whistle Down The Wind. Mais comme l’affirme Poor Baby : «M’man le chantait mieux».
Dans la grange, Swallow chante une reprise de Whistle Down The Wind alors qu’elle prie que Dieu protège les chatons. Elle est surprise de découvrir qu’un homme se trouve dans la grange et elle lui demande qui il est. Quand il répond : «Jésus-Christ», elle est persuadée d’avoir rencontré le sauveur. Elle présente son frère et sa sœur à l’Homme et ils promettent de ne rien dire à personne (The Vow).
La scène se déplace dans un bar où Ed chante Cold pour divertir les habitants. Le shérif arrive au bar pour avertir la ville qu'il y a dans la région un tueur en cavale, et qu'il pourrait se cacher à proximité. Nous revenons dans la grange où l'homme se réveille entouré d'enfants cherchant Jésus. Tous promettent de prendre soin de lui et de garder son existence secrète. Resté seul, il pense qu’il reste des choses à régler (Unsettled Scores). Plus tard cette nuit-là, Swallow lui apporte de la nourriture, et lui demande si il lui rendra sa mère: «Étant le Fils de Dieu, cela ne doit pas être si difficile pour vous!» Elle chante : si seulement les choses qu’elle désire pouvaient se réaliser (If Only).
Nous rencontrons Candy, une jeune fille noire, et Amos, un garçon blanc, qui chantent le bonheur de sortir de la ville où ils vivent, et de se retrouver dans un endroit où ils peuvent être à l'abri (Tire Tracks et Broken Hearts). Les habitants de la ville chantent ce qu’était leur ville (Safe Haven).
Les enfants discutent de ce que cela signifierait si l'homme mystérieux était vraiment Jésus-Christ, et quelle différence cela ferait dans leurs vies (Long Overdue For A Miracle). Ils se rendent compte que si ils font tout ce qu’il faut, ils pourront le sauver, et que cela pourrait être la nuit où les enfants dirigent le monde (When Children Rule The World). Dans la grange, ils demandent à l'Homme de leur raconter une histoire. Il accepte et leur raconte une histoire, qui sera selon lui dans le prochain Testament : Annie Christmas .Quand il a fini, ils demandent quelle est la morale de l’histoire, et quand il admet qu'il ne sait pas, ils affirment que quoi qu’il arrive (No Matter What) ils l’aimeront toujours. Ailleurs sur scène, nous voyons les adultes se préparant à traquer le tueur en cavale, leur colère en contraste total avec l'innocence des enfants et leur bonheur.
Acte II
Le deuxième acte commence avec d’une part les habitants se préparant une nouvelle fois à traquer le tueur (Safe Haven Reprise), et d’autre part l'Homme et Swallow dans la grange. L'homme demande à Swallow de récupérer un paquet pour lui, dans un tunnel ferroviaire à 4 miles de là. Remarquant qu'elle tremble, il lui dit d’essayer de ne pas avoir peur (Try Not To Be Afraid). Avant de quitter la ville avec Candy, Amos vient voir Swallow dans la grange et lui demande si elle lui confiera son grand secret avant qu'il parte. Il lui dit que si ils partagent ce secret, ils le scelleront par un baiser (A Kiss Is A Terrible Thing To Waste). L'homme, caché dans la grange, entend leurs conversations et rejoint Amos dans sa chanson, se rendant compte du parallèle de leur vies : «Les mots les plus vides qui aient jamais existé, cela aurait pu être moi». Swallow demande à Amos de l’accompagner au tunnel ferroviaire où il pourrait l'embrasser. Là, elle récupère le paquet, mais elle est presque tuée par un train, Amos parvenant à la sauver in extremis. «Tu m'a sauvé la vie, Amos! Cela signifie que je te suis redevable» dit-elle, avant de lui confier son secret: «Que dirais-tu si je te disais que Jésus était revenu. Il est de retour, Amos Jésus est dans ma grange». Ils sont interrompus par le shérif, qui pense avoir découvert l'assassin, mais il est vraiment déçu de constater que ce ne sont que Swallow et Amos! Il les renvoie à la maison. Cependant, Earl, qui a été caché dans le tunnel ferroviaire pendant tout ce temps, a entendu le secret de Swallow.
De retour à la maison, Swallow retrouve Poor Baby fort en colère parce que son chaton, dont il avait demandé à «Jésus» de le soigner, est décédé. Swallow suggère qu'ils demandent à «Jésus» pourquoi il a laissé le chaton mourir: (If Only (Reprise)). Dans la grange, l'Homme leur raconte une autre histoire, Charlie Christmas, pour leur expliquer que tout le monde finit par mourir, même le chat, même le vieux Charlie … même une mère.
Sur la route, Candy attend Amos (Off Ramp Exit To Paradise), mais quand il finit par arriver, c’est seulement pour demander où se trouve Swallow, car elle est en difficulté. Quand il s'enfuit, Candy rencontre Earl, qui affirme connaître le grand secret de Swallow et savoir pourquoi Amos se précipite à sa recherche avec une telle hâte. Elle décide de dévoiler le secret de Swallow à la ville entière. Elle interrompt une réunion d’éveil (Wrestle With The Devil). Les habitants décident qu’il faut trouver l’assassin une bonne fois pour toutes, afin de sauver les enfants (The Hunt).
Swallow explique aux enfants (Haven (Reprise)) que même aux moments les plus difficiles, Jésus est toujours présent. Swallow court vers la grange pour avertir l'Homme que toute la ville arrive pour le capturer. Quand il envisage s’enfuir, elle le supplie de rester, lui promettant qu'elle le protégerait. Il tente de lui faire comprendre qu'elle ne sait pas qui il est (Nature of the Beast). Mais elle dit qu'elle l’aime, peu importe qui il est. Lorsque les habitants arrivent, les enfants font barrage autour de la grange et sont déterminés à ne pas laisser les adultes faire du mal à l'Homme. Swallow est avec lui dans la grange. Il dit d’abord qu'il va la prendre en otage, mais change rapidement d’avis et la pousse au contraire à sortir de la grange et de se mettre en sécurité. Resté seul, il met le feu à la grange. Lorsque Swallow parvient à rentrer, espérant le sauver, il n'y a plus aucune trace de l’Homme. Swallow est convaincue qu'il n'a pas parti pour de bon, disant: «Il reviendra… Je sais juste qu'il le fera.» Son père tente de lui faire comprendre qu'il n'était pas Jésus. Elle n'est pas encore complètement convaincue, demandant: «Mais qu’en savez-vous?» La famille, de nouveau réunie, chante Whistle Down The Wind, finissant le spectacle avec poésie par «J’ai toujours été là».